医療費控除でいくら戻る？｜計算方法と年収別の還付額

医療費控除の額の計算式

医療費控除（所得税法73条）は、1月1日から12月31日までの1年間に支払った医療費が一定額を超えたとき、その超えた部分を所得から差し引ける制度です。控除の額は次の式で計算します。

「補填される金額」は、生命保険の入院給付金、健康保険の高額療養費や出産育児一時金など、医療費を埋め合わせるために受け取るお金です。病気で会社を休んだときの傷病手当金のように、給料の代わりとして受け取るお金は引きません。引く10万円（または5%）の部分は「足切り額」と呼ばれ、ここまでは控除になりません。

戻ってくる額は「控除額 × 税率」

医療費控除は所得控除なので、控除額がそのまま戻るわけではありません。控除額の分だけ課税される所得が減り、その分の税金が軽くなります。軽くなるのは次の2つです。

• 所得税：控除額 × 所得税率（5〜45%）× 1.021（復興特別所得税）。会社員なら給料から天引きされていた税金が確定申告で還付される
• 住民税：控除額 × 10%。確定申告の内容が市区町村に送られ、翌年度（6月から）の住民税が減る。こちらは振り込まれるのではなく、天引き額や納付額が下がる形

たとえば年収500万円・独身の会社員（40歳未満、ほかの控除なし）が1年間に医療費を30万円払った場合、医療費控除は30万円 − 10万円 = 20万円です。所得税率は10%なので所得税の還付が20,420円、翌年度の住民税が20,000円減り、合計で40,420円が戻る（減る）計算になります。

年収・医療費別の早見表

40歳未満・独身の会社員で、ほかの所得控除（配偶者控除・生命保険料控除など）がない場合の、所得税の還付と住民税の減額の合計です。社会保険料は協会けんぽ（東京都）の料率で年収から計算しています。

年収が上がるほど所得税率が上がるので、同じ医療費でも戻る額は増えます。一方で年収150万〜200万円の人は、足切り額が10万円より小さくなる（総所得金額等の5%）ため、医療費15万円では年収300万〜400万円の人より多く戻ります。年収150万円の列が19,800円で頭打ちになっているのは、所得税がもともとかかっておらず、減らせる住民税もそこまでだからです。

所得税がかかっていない人は戻らない

還付されるのは、すでに払った（源泉徴収された）所得税が上限です。令和7年分からは給与所得控除の最低額が65万円、所得税の基礎控除が最大95万円に上がったため、社会保険に加入している給与収入だけの人なら年収180万円台まで所得税がかからず、医療費控除をしても所得税は1円も戻りません。

住民税は所得税より基礎控除が小さい（43万円）ため、所得税がゼロでも住民税はかかっていることが多く、その分は減ります。住民税の所得割もかからない人（同じ条件で年収120万円台前半まで）は、医療費控除をしても戻る税金はありません。家族の医療費をまとめて、所得税を払っている家族が申告したほうが得です。

確定申告の手順と期限

会社員でも、医療費控除は年末調整では受けられず、確定申告が必要です。還付を受けるための申告（還付申告）は、翌年の1月1日から提出できます。

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   医療費を集計する

   領収書や、健康保険組合から届く「医療費のお知らせ（医療費通知）」をもとに、家族ごと・病院や薬局ごとに金額をまとめます。マイナポータルと連携すれば、e-Taxで医療費の情報を自動で入力できます。

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   医療費控除の明細書を作る

   平成29年分から領収書の添付は不要になり、代わりに明細書を提出します。医療費通知を使う部分は明細書への記入を省けます。領収書は5年間保存が必要です。

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   源泉徴収票を用意して申告書を作る

   国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で、源泉徴収票の数字と医療費を入れると還付額が計算されます。ふるさと納税をしている人は、寄附金控除もここで入力します。

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   提出して還付を待つ

   e-Taxなら3週間程度、書面なら1か月から1か月半程度で指定口座に振り込まれます。住民税の減額は翌年6月からの住民税に反映されます。

ツールで自分の還付額を計算する

医療費控除 還付金計算の「いくら戻るか計算」タブでは、支払った医療費・補填される額・年収を入れると、足切り額、控除額、所得税の還付、住民税の減額を内訳つきで表示します。源泉徴収票が手元にある人は「源泉徴収票・申告書から」に切り替えて、給与所得控除後の金額と所得控除の額の合計を入れると、配偶者控除や生命保険料控除も反映した額になります。

医療費が10万円に届かない場合は医療費控除は10万円以下でも使える？、家族のうち誰が申告するかは医療費控除は夫婦どっちが申告すると得か、何が対象になるかは医療費控除の対象になるもの一覧で解説しています。所得税と住民税の税率の仕組みは所得税と住民税の計算方法も参考にしてください。

よくある質問

医療費控除で医療費が30万円だといくら戻りますか？

控除額は20万円で、戻る額は所得税率によって変わります。年収500万円の会社員（所得税率10%）なら、所得税の還付20,420円と翌年度の住民税の減額20,000円で合計40,420円、年収700万円（税率20%）なら合計60,840円が目安です。

医療費控除の還付金はいつ振り込まれますか？

e-Taxで申告した場合は3週間程度、書面で提出した場合は1か月から1か月半程度が目安です。住民税は振り込まれるのではなく、翌年6月からの住民税が減額される形で反映されます。

医療費控除は年末調整で受けられますか？

受けられません。医療費控除は確定申告でしか受けられないので、会社員も翌年1月1日以降に還付申告をします。還付申告は5年間さかのぼって提出できます。

医療費控除の領収書は提出しなくていいのですか？

平成29年分からは、領収書の代わりに医療費控除の明細書を提出します。領収書は提出不要ですが、税務署から求められたときに見せられるよう、申告期限から5年間は保存しておく必要があります。